Kelestarian pengelolaan TN Meru Betiri tidak dapat terlepas dari beberapa gangguan dan ancaman. Secara umum terdapat beberapa gangguan utama dalam melesatarikan kawasan TN Meru Betiri yaitu :

• Ilegal logging,
• perburuan satwa,
• perambahan, dan
• kebakaran hutan.

Kegiatan Patroli perlindungan dan pengamanan hutan difokuskan pada daerah-daerah ataupun Resort yang rawan terhadap kejadian ilegal logging. Beberapa Resort yang dijadikan sebagai prioritas lokasi patroli pengamanan hutan adalah Resort Andongrejo, Resort Bandealit, Resort Baban dan Resort Sanenrejo. Tujuan dari kegiatan ini adalah mencegah dan mengurangi terjadinya kegiatan pelanggaran pidana kehutanan di kawasan TN Meru Betiri sehingga kelestarian kawasan TN Meru Betiri dapat tercapai. Upaya-upaya nyata yang telah dilakukan oleh Balai TN Meru Betiri diantaranya adalah sebagai berikut :

1. Penjagaan, Patroli rutin/ patroli pencegahan karhut, Patroli TSL, Patroli Fungsional.
2. Anjangsana dan penyuluhan sebagai tindakan pencegahan/antisipatif tindakan pidana kehutanan di kawasan TN Meru Betiri;

Beberapa langkah yang akan ditempuh dalam rangka meminimalkan kejadian Tindak Pidana Kehutanan yang dapat dilakukan diantaranya :

1. Penjagaan, Patroli rutin/ pencegahan kebakaran hutan, Patroli TSL, Patroli Fungsional, Patroli/ Operasi Simpatik, Koordinasi lintas pihak terkait.
2. Melibatkan masyarakat lokal di sekitar kawasan TN Meru Betiri dalam kegiatan dalam kegiatan perlindungan dan pengamanan kawasan sebagai tenaga pengaman hutan (MMP)
3. Meningkatkan koordinasi dengan pihak-pihak terkait dalam kegiatanperlindungan dan pengamanan kawasan khususnya dengan pihak terkait (POLRES, KORAMIL, PEMDA, dan UPT Ditjen PHLHK di Surabaya).

Penguatan kelembagaan kelompok kemitraan konservasi serta memberikan bimbingan dan bantuan permodalan dalam rangka alih profesi, alih komoditi, dan alih lokasi